Dlhodobý vývoj choroby závisí predovšetkým od formy JIA u daného dieťaťa. Všeobecne možno povedať, že pri dodržiavaní odporúčaných liečebných postupov dôjde u väčšiny detí k výraznému zlepšeniu, často až k úplnému ústupu ťažkostí. U niektorých detí sa v priebehu choroby striedajú obdobia prechodného zlepšenia a zhoršenia, podľa ktorých sa mení aj liečebný postup. Dĺžka trvania choroby a tým i doba trvania liečby sa nedá odhadnúť. Včasná diagnóza, dostatočne účinná liečba, prevencia komplikácií, pravidelná rehabilitácia a dôsledné monitorovanie možných nežiaducich účinkov liečby sú základné predpoklady na dosiahnutie čo najlepších výsledkov.
