Ochorenie prebieha u každého rôzne a prognóza je málo predvídateľná. Existujú tzv. prognostické znaky horšieho priebehu ochorenia, medzi ktoré patrí napríklad prítomnosť reumatoidného faktora a anti-CCP, postihnutie viacerých kĺbov, skoré zmeny viditeľné na röntgenových snímkach, pretrvávanie vysokej aktivity ochorenia.
Podľa epidemiologických prieskumov sa dá očakávať vývoj deformít a závažnejšieho štrukturálneho postihnutia v priebehu 10 rokov trvania choroby približne u 40 % pacientov, ak nepríde k dostatočnému potlačenia aktivity choroby. U niektorých pacientov sa striedajú obdobia aktivity choroby a pokoja (remisie).
Ak sa dosiahne vymiznutie klinických, laboratórnych a prípadne aj rádiologických príznakov aktívneho zápalu, môže reumatológ po dohode s pacientom zvážiť, či sa pristúpi k redukcii liečby , najskôr po 12 mesiacoch trvania remisie. V súčasnosti nie sú jednoznačné odporúčania na manažment liečby v remisii – vhodná je najskôr zníženie frekvencie podávania biologickej liečby, pretože po ráznom, úplnom vysadení tejto liečby sa často pozorovalo opätovné vzplanutie RA.
